2011年度から継続しているグループ社員の現地への派遣活動に加え、2014年度より新入社員ボランティア研修を開始、2018年度からは社員の家族もボランティアとして参加しています。震災の記憶を風化させないよう、復興に尽力する現地の方々との交流や畑の整備作業などの活動を行っています。

陸前高田市災害ボランティアセンターへ、累計約300人、作業日数（延べ）約1,000日 派遣。

陸前高田・大槌・釜石で、菜の花畑整備、薪割り、コミュニティづくりなど、延べ224人を派遣。

2015年8月、岩手県釜石市を拠点に菜の花大地復興プロジェクトに取り組む一般社団法人ユナイテッドグリーンと三陸菜種油「海と森のなたね油」のオーナー契約を締結しました。本プロジェクトは、津波による塩害農地や周辺の耕作放棄地に菜の花を咲かせ、景観を改良するとともに、収穫された菜種から食用油を製造して地域産品へと育て上げるものです。当社がオーナーとなった菜の花畑では、社員ボランティアが草刈や種まきなどの作業に参加しています。収穫された菜種油は社内でチャリティ販売を実施し東北支援団体へ売上金を寄付しています。

当社は、大規模な自然災害が発生した際、被災者への支援活動として国際人道支援を行うNPO法人ジャパン・プラットフォーム（JPF）と協働で「日本郵船グループJPF物資協働輸送プロジェクト」を立ち上げています。これは2004年12月26日に起こったスマトラ沖大地震およびインド洋津波被害の被災地へ、JPFと連携して救援物資の輸送を行ったことがきっかけでした。

このプロジェクトでは、被災者が本当に必要とする救援物資についてJPFの参加団体であるNGOが事前に綿密な調査を行います。調査に基づいて用意された物資は、当社グループが運航するコンテナ船によって被災地に近い港まで輸送され、さらに、JPFの参加NGOによって被災者の手元に届けられます。

2022年1月に発生したトンガ沖海底火山噴火により被災したトンガ王国に、当社ならびに当社グループ会社のNYKバルク・プロジェクト株式会社は、復興支援としてNYKバルク・プロジェクト株式会社の運航船で2022年3月に飲料水5.4トンを輸送しました。

2021年12月に発生したフィリピン中部を直撃した台風22号「ライ」の復興支援として、支援金650万円とグループ役員・社員有志による募金1,321,000円をNYK-TDG FRIENDSHIP FOUNDATIONを通じて同国に寄付しました。また特定非営利活動法人ジャパン・プラットフォームと連携して、家屋修復に使用する波型鉄板の無償輸送に協力しました。

2021年5月と6月に、新型コロナウイルスの感染拡大で医療崩壊の危機に瀕しているインドへの緊急医療支援として医療用酸素シリンダー988本を、政府と連携して対応に当たっているタタ・グループ傘下のタタ・スティール社のCSR部門であるタタ・スティール・ ルーラル・ディベロップメント・ソサエティへ、無償提供しました。
2021年7月には、新型コロナウイルス感染症拡大に伴う医療活動・経済的困難などの解決のため、船員とその家族のための基金「The Seafarers International Relief Fund」、ユニセフの「ワクチンを公平に世界に届ける国際協調への緊急募金」、公益財団法人日本財団、国境なき医師団の「新型コロナウイルス感染症危機対応募金」をはじめとする15の基金・団体に総額7,100万円を寄付しました。

2020年7月に九州地方を中心に発生した豪雨災害について、グループ役員・社員有志による募金に日本郵船がマッチングギフトを上乗せして、義援金2,607,736円を日本赤十字社へ寄付しました。

2020年1月に中国・湖北省武漢市で発生した新型コロナウイルスの感染対策を支援するため、500万円を在日中国大使館へ寄付しました。

2019年10月に12都県で発生した台風19号による土砂崩れ、浸水などの甚大な被害について、義援金500万円、及び当社グループ役員・社員有志による募金1,055,312円を日本赤十字社へ寄付しました。

2018年9月28日にインドネシア・スラウェシ島で発生した地震災害について、グループ役員・社員有志による募金に日本郵船がマッチングギフトを上乗せして、救援金648,748円を日本赤十字社へ寄付しました。

2018年9月6日に北海道胆振東部で発生した地震災害について、グループ役員・社員有志による募金に日本郵船がマッチングギフトを上乗せして、義援金1,686,860円を日本赤十字社へ寄付しました。

2018年7月に九州・西日本を中心とした連日の豪雨により発生した災害について、義援金750万円を日本赤十字社へ、また、活動支援金250万円、及びグループ役員・社員有志による募金1,887,847円を特定非営利活動法人ジャパン・プラットフォームへ寄付しました。

2016年4月14日に熊本県を中心とした九州地方で発生した地震災害について、義援金750万円を日本赤十字社へ、また、活動支援金250万円、及びグループ役員・社員有志による募金3,059,043円を特定非営利活動法人ジャパン・プラットフォームへ寄付しました。